Rumah Sakit Umum Daerah Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang adalah RSUD Kelas B Pendidikan sesuai Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: HK.02.03/I/0765/2015 tentang Penetapan RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang sebagai Rumah Sakit Pendidikan. RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang merupakan milik Pemerintah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang beralamat Jl. Dr. Moch. Hatta No. 19 Kota Kupang dengan jangkauan pelayanan untuk masyarakat Wilayah Nusa Tenggara Timur. Mengacu pada Peraturan Gubernur Nusa Tenggara Timur Nomor 45 Tahun 2010 maka mulai menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD).