Pemerintah Belanda pada tahun 1941 mendirikan rumah sakit darurat kecil yang berlokasi di kawasan Bakunase (sekarang SD Negeri I Bakunase), yang berfungsi memberikan pelayanan kesehatan kepada masyarakat kota kupang maupun pemerintah penjajah. Dokter pertama kali yang menangani rumah sakit tersebut adalah dokter Habel, seorang warga negara Belanda.
Tahun 1942 terjadi peralihan kekuasaan dari pemerintah penjajah Belanda ke pemerintah penjajah Jepang. Rumah sakit darurat kecil diambil alih oleh pemerintah Jepang, semua fasilitas dan tenaga medis dari pihak Belanda tetap dimanfaatkan termasuk dr Habel. Sempat dipindahkan ke Naikoten. Pemindahan lokasi tersebut tidak bertahan lama akhirnya kembali ketempat semula.
Pada 1952 atas prakarsa Residen Mr.Amalo, rumah sakit darurat kecil di kawasan bakunase dipindahkan ke bekas gedung kesatuan BRIMOB yang terletak dikawasan Oetete (sekarang RSUD Prof.Dr.W.Z.Johanes Kupang) dengan nama rumah sakit kuanino.
Pada tanggal 5 juli 1959 Presiden Soekarno mengeluarkan dekrit, saat itulah segala kegiatan rumah sakit kuanino diambil alih Pemerintah Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur dengan mendapat bantuan dari Departemen Kesehatan Republik Indonesia.
Nama Rumah Sakit Kuanino ini kemudian atas kesepakatan DPRD Tingkat I Nusa Tenggara Timur pada tanggal 12 November 1970 diganti dengan nama seorang pahlawan nasional bangsa Indonesia asal Nusa Tenggara Timur yang berkecimpung dibidang kedokteran yaitu Prof.Dr.W.Z.Johannes. Kemudian nama ruamah sakit umum tersebut dikenal dengan nama “Rumah Sakit Umum Prof.Dr.W.Z. Johannes Kupang”.
Sejak didirikan, Kami telah menyediakan perawatan medis lengkap bagi pasien, yang meliputi layanan rawat jalan, rawat inap, laboratorium dan banyak lagi.